O Terceiro Comando de Policiamento de Área (3º CPA) é o comando intermediário responsável pela região da Baixada Fluminense. A Unidade é subordinada à Subsecretaria de Gestão Operacional / Subchefia do Estado-Maior Geral Operacional (SsGO/EMG Op).

No final da década de 1970, devido à fusão da Guanabara com o estado do Rio de Janeiro, o Comando-Geral da PMERJ entendeu por bem criar comandos intermediários (Cmdo Itrm) que facilitassem a organização dos batalhões e o emprego regionalizado dos efetivos, sendo criando sete Comandos de Policiamento de Área (CPA). Na década de 1980, tais comandos foram reduzidos para apenas dois, que formariam o Comando de Policiamento da Capital (CPC), sediado na cidade do Rio de Janeiro, e o Comando de Policiamento do Interior (CPI), com sede em Niterói.

O 3º CPA foi recriado em 26 de julho de 1991, através da Resolução SEPM n° 0091, como Comando de Policiamento da Baixada (CPB), tendo como Unidades Operacionais subordinadas à época o Décimo Quinto, Vigésimo, Vigésimo Primeiro e Vigésimo Quarto Batalhões de Polícia Militar (15º, 20º, 21º e 24º CPM) e a Terceira Companhia Independente de Polícia Militar (3ª CIPM), atual Trigésimo Quarto Batalhão de Polícia Militar (34º BPM), por meio do desmembramento da área do Comando de Policiamento da Capital (CPC), sediado no Quartel General. A primeira sede do CPB foi no aquartelamento do 21° BPM, no município de São João de Meriti.

A resolução de criação visava instalar um comando intermediário que cumprisse as missões próprias previstas no Artigo 32 do Decreto-Lei n° 092/1975, direcionadas para a região da Baixada Fluminense, onde já se fazia necessária a sua implantação em razão do aumento da população e a intenção de reunir sob o mesmo comando intermediário as unidades que atuam em municípios de características socioeconômicas e culturais similares, proporcionando a descentralização das decisões relativas à região e criando condições para que o antigo CPC pudesse concentrar seus esforços junto as Unidades da capital fluminense.

Através da Resolução SEPM n° 128, de 4 de outubro de 1993, foi determinada a mudança da sede do CPB para as instalações do 20° BPM e, mais tarde, através da Resolução SESP nº 461/2001, foram criados o Primeiro e Segundo Comandos de Policiamento da Baixada (1º e 2º CPB), definindo como área de responsabilidade do 1º CPB, com sede no 20º BPM, as áreas de policiamento do 20º e do 24º BPM e como área de responsabilidade do 2º CPB, com sede no 21º BPM as áreas de policiamento do 15º, 21º BPM e 3ª CIPM. Ressalte-se, ainda, que em 17 de agosto de 2005, foi inaugurado o Trigésimo Nono Batalhão de Polícia Militar (39º BPM) no município de Belford Roxo, através da Resolução da SESP nº 795/2005.

Em cumprimento a Resolução SESP nº 880/2006, novamente o comando intermediário foi tornado único, com sede própria no aquartelamento do 20º BPM, porém, em 28 de fevereiro de 2005, o comandante do CPB passa a exercer somente as funções de comandante intermediário, não mais cumulativas com as funções de comandante de Unidade Operacional. Através da Resolução SESEG nº 83/2007, foram alteradas as denominações dos comandos intermediários, com a Unidade renomeada Terceiro Comando de Policiamento de Área.

No ano de 2022, a sede do 3º CPA foi transferida para novas instalações, situadas no bairro 25 de Agosto, no município de Duque de Caxias.